讲武堂负责研究军事理论，培训正营级以上军官，相当于黑旗军的军校，侧重于战略教学。杨烜亲自负责讲武堂的工作。

总司令，位置极为要，首任营长为杨烜亲信徐作新。

营、连一级参照设立执行委员会，由军官、士官长组成。

营、连一级成立军人委员会，通常由副营长、副连长担任委员会主任，士官长担任副主任。军人委员会定期召开会议，就队理、伙、战术等问题展开讨论。讨论结果不有执行力，供营长、连长参考。

官兵平等包括政治上、经济上的平等，军官护士兵、士兵尊重军官，团结互助，同甘共苦，增军队凝聚力。

要实行“均田免赋”，就要把地主的土地平分给农民。这就要统计人，测量土地，设计分地方案。这些工作，也只能由军队来承担。

清朝为了把控兵权，通常由中枢简派钦差大臣，从各省调军队，由钦差大臣临时指挥。皇帝通过军机，遥控战局。

士兵有功，可以提为士官，士官可以逐级晋升为士官长。士官长辅助连长、营长理队，在基层队有着不容忽视的影响力。

除了行军打仗，还要组织政府、平均地权、开矿设厂、大办学校、宣传教育等。

情节严重的，军法论。犯多大的错，治多大的罪，由军法独立裁判；情节较轻的，批评教育。上级不能徇私包庇下级，下级亦不及诬告上级，凡事以军法为准绳。

这指挥制已经完全落伍，早在第一次鸦片战争中便暴无数弊端。太平军兴，清廷不思取，仍然沿用这落后的指挥制。

宪兵队负责维持军纪，执行军法的裁决。

师、团一级司令，参照总司令设置，但机构、人员更为简。

鉴于黑旗军队伍壮大，饷银耗费大，杨烜决定一步压缩津贴。普通士兵津贴不变，仍为每月一两银。班长以上骨，津贴在原有基础上减少。杨烜为总司令，饷银最，为二两银。

设立执行委员会、军人委员会，可以在制度层面保证军事发主。

三、实行官兵平等。

特别优秀的士兵，可以破格提为军官。譬如李秀成的侄李世贤，才加黑旗军不久，却因表现优异，被提为排长。

四、发扬军事民主。

但黑旗军的伙、衣服等费用都由公费开支，官兵家眷也都由后勤统一供养。官兵的津贴成了纯收，实际收比绿营士兵略一些。

除了津贴，黑旗军军官在衣、、住、行上都与士兵保持一致。士兵吃什么，军官就吃什么。行军宿营，军官与士兵一样挤在大通铺里。所有人不得乘轿，不得鸦片。

譬如，黑旗军攻占南宁，就要组织军政府。为了提效率，政府应由军队接，采取军政府的形式。

如果说司令是队的领导机关，执委会则相当于司令的领导机关。但凡队重大事项，都由执委会讨论决定，由主任签发。情况急时，由主任临时专断。

再譬如，要大办学校，但一时招募不到许多合格教师，就要组织教学培训，从军中选教学骨，从民间遴选优秀知识分，把民间知识分培养成合格教师。

教导队专门负责训副营级以下军官，侧重于战术教学。

五、黑旗军要履行多职能。

华夏传统军队，通常由主帅独断专行。这可以提工作效率，却不利于集思广益。主帅一旦犯错，轻则损兵折将，重则危及战局。此外，主帅专断，容易把持兵权，尾大不掉。

军法负责制订军事条例、审判重大军事案件等工作。

这样一来，从士兵到最统帅，津贴变化不大，官兵在经济上趋于平等。士兵津贴一两银，与最普通的绿营兵相当。

总司令，师、团司令成立执行委员会，简称执委会，由总司令、师司令、陆师团长、师支队长担任执行委员会主任。副司令、副团长、副支队长为执行委员会副主任，参谋机关、军政机关、后勤机关负责人为委员。

士兵提升为军官，通常离开原来的连队，到其他营连任职。李世贤原是近卫连的战士，超为排长后，到步兵一团任职。

黑旗军官兵在政治上也是平等的。军官不得打骂罚士兵，上级军官对下级军官亦不能打骂罚。官兵犯有错误，主要通过两途径制裁：

杨烜创造了司令制度，完善了指挥制。在队层面，则充分发扬军事民主，提队凝聚力。